一航是官家子弟，自幼被送上武当习武，当时天都派已向武当下战书，要夺武当的珍藏剑谱，就在天都派获胜之际，天都与弟子慕华竟为夺剑谱而自相残杀，武当因而重获剑谱。经此一役，天都大胜慕华，接任天都掌门之位，并坚守不准嫁娶的门规，却原来慕华早钟情天都，慕华含恨留书归隐，约定廿年后再比武，天都此时已追悔莫及，静待廿年后与慕华重聚。十多年后，一航长大成人，被朝廷纳为值殿待卫，光宗耀祖，一航祖父亦正式退休，返乡养老。

当时明朝奸臣忠贤与修阳勾结满州人，并教唆郑太妃谋朝篡位，令其二皇爷登基，俩遂合谋制活死人厂，陷害一直对他们极威胁的一航父子。而太子常洛竟又误信谗言，将一航父处死，一航则被贤臣孟灿所救，成通缉犯。孟灿因而惨被牵连抄家，收监候审。霓裳自从慕华死后，成绿林大盗，曾大败十八强盗而声明大噪。霓裳得知一航祖父退休返乡，中途将他洗劫济贫，一航的师兄绍南陪伴一航祖父上路，他向霓裳挑战，结果被霓裳在其面上以刀留字，霓裳因此与武当结怨。

一航为父寻冤，决深入调查，跟踪郑太妃揭发活死人厂工场，忠贤和修阳见事败，竟倒戈相向背叛郑太妃，逃过大难，而郑太妃则畏罪自尽。孟灿无罪释放，但因曾受酷刑折磨，终伤重不治。一航因立功被追封，但一航感官场黑暗，辞去官职，带父骨灰返乡与祖父相聚、守孝。天都、慕华廿年比试期至，可惜慕华因练玉女心经走火入魔，已死多年，只见其徒霓裳应约，天都黯然神伤，决弃浮名，自封黄龙洞口与慕华遗体厮守，以作补偿。一航返乡前夕，皇上再度游说航加入战阵，剿灭绿林大帮及头目霓裳，一航视为民除害己任，遂允之，而奸臣修阳亦招纳武林高手独异效命，加入战阵灭山寨。霓裳因修练玉女心经而不慎走火入魔，化为十岁女童，而一航则在剿灭时，惊见修阳与独异等人向女贼凌辱，心灰意冷下偷带奄奄一息的女童霓裳离去，不辞而别，而山寨亦被毁。

一航治理好化为童身的霓裳伤势后，便辞行返乡，而霓裳对一航已暗生情愫，并专注修炼后回复成人身。皇上派人返乡向一航行赏，忠贤和修阳为铲除心腹大患，派独异向送圣旨的钦差下慢性毒药，企图嫁祸航，借刀杀人，不料一航发现钦差中毒，并得一航治理痊愈，安全返抵朝廷。

忠贤和修阳虽知事败，仍将错就错，收买乡间命官向一航治死罪，控以谋杀官兵。霓裳得悉，舍身劫刑场相救，一航因而上京请皇上翻案，还以清白，可惜却没有足证据查出真凶下落。霓裳将化为童身之事告知一航，并表露爱意，一航一时难以接受，婉拒之。霓裳悲伤下返黄龙洞，竟发现山洞被破，珍传之剑谱亦不翼而飞。另一方面，铁家庄庄主飞龙与武当掌门人紫阳道长交情深厚，飞龙得知紫阳道长获重病，遂前赴探望。

飞龙妾侍九娘乘夫出门，与奸夫独异之子孙雷幽会，发现孙雷得霓裳门派剑谱，九娘为得绝学，偷剑谱返家与飞龙之女珊瑚一起修炼。此时飞龙返家，发现霓裳、独异夫妇与孙雷同找九娘晦气，索取剑谱，飞龙遂主持公道，将剑谱归还予霓裳，并将九娘与珊瑚赶走以保铁家庄声誉，霓裳对飞龙之恩怨分明极为欣赏，结拜为义父。而独异一家与霓裳在争夺剑谱时曾起冲突，遂相约三个月后再比武，一决生死。

飞龙与霓裳相依，知霓裳被情困，遂安排霓裳、一航见面，促成两人的婚事。一航本身亦对裳念念不忘，决抛开门户之见答应拜堂，成为夫妇。不料，当一航和霓裳欲返武当报喜之际，竟闻掌门紫阳道长仙游，一航因乃阳嫡传弟子，遂被委任掌门，而霓裳亦因与武当有旧怨，未获武当众老承认，一航婚事备受压力，左右为难，遂暂且推辞掌门之位，返朝廷任命。霓裳亦体谅一航的压力，返山寨重建江山，静待航慢慢化解此事。朝廷内，常洛册封其子之乳娘客氏为太母，在奸臣忠贤的教唆下，客氏恃权在宫中进行荒淫无道的生活，而且她与忠贤合谋向常洛下慢性毒药以图谋反。

廷弼为加强军力，遂指派鸣珂到少林寺，借阅神龙铸剑谱以制造神兵利器，抵抗外敌，但遭忠贤和修阳等奸臣知悉并重重阻挠，而鸣珂亦身受重伤，幸而巧遇珊瑚，并得其相助逃避奸臣的追捕。皇上健康日差，适逢一航与白石道人上京平反冤情，白石道人为常洛疗病痊愈，皇上亦乘机封武当为天下第一派，以及武当历任掌门为护国国师，并指派白石道人和一航替他提炼小还丹调理健康。

一航被任命教导小皇爷由校武功，更赐一手御予一航克制由校的任性脾气，由校亦学得一身好武功。忠贤为铲除武当派之威胁，遂把白石道人炼之小还丹内一种药材偷龙转凤，常洛终因而中毒驾崩，一航、白石道人被判处斩，武当派亦被封庄指为串谋。霓裳、飞龙和照希等人终救出被判处斩的一航与白石道人，而白石道人则中了箭伤身负重伤。

由校继位，并不信任忠贤的说话，替武当派翻案，查出另有内情，将武当众人释放。由校更知朝廷有奸臣，为扩大势力，遂把边疆贤臣廷弼调返朝廷协助调查。忠贤与客氏施计暗杀由校，但功败垂成。及后客氏忆起与由校的亲情，遂背叛忠贤放弃杀害由校。而武当派洗脱罪名，光复在即，需掌门之领导，加上白石道人欲把女儿萼华许配予一航，而由校亦协助赐婚，使一航再面临压力与抉择。

一航不欲受制肘，决偷走与霓裳私奔归隐，白石道人知悉，将一航禁锢。廷弼与参赞鸣珂及珊瑚齐上京候命，不料鸣珂竟误中忠贤之圈套，被生擒。忠贤为铲除叛逆之客氏，把鸣珂制成活死人，陷害她与鸣珂有染，加上其过往荒淫的案底累累，终被由校贬为庶民，结果客氏自觉含冤吊颈自尽。

忠贤唯恐廷弼返到朝廷后救鸣珂，遂把鸣珂提前处斩，幸而廷弼赶先向由校禀明，鸣珂得以活命，并由珊瑚护珂上少林用易筋经迫出体内毒针，可惜功亏一篑，鸣珂虽功力恢复，神智却未能清醒，狂性大发，大闹少林，继而失踪。由校对忠贤开始生疑，封廷弼为锦衣卫总管，一方面直接威胁忠贤，另一面可深入调查忠贤之罪证。

一航被武当师叔晓以大义，接任掌门之职，兼且公告各派定下重选武林盟主之期。一航闭关修炼达摩剑法其中八式，以应付武林盟主选举。萼华亦知航对裳一往情深，决瞒父与一航以兄妹相称。另一方面，霓裳得义父飞龙指点下练成玉女心经，令她与独异一家决斗时获胜，并饶独异一家之命。独异心有不甘，故意说出一航与萼华已婚之事，并且后偷袭霓裳，使霓裳堕下山崖，而霓裳因一航与萼华成婚之事大受刺激，并放手跳崖自尽。崖下，霓裳可幸大难不死，还遇一年老之武当叛徒，他临终前细说武当与邪教过去的恩怨，并将本为邪教所拥有的达摩剑法另外八式赠予霓裳。

忠贤为铲除廷弼的威胁，遂派遣独异于往飞虎寨的途上刺杀廷弼，但行动最终失败而回。一航卒在武林盟主选举上获胜，而霓裳之死讯亦随之传入一航耳中，一航伤心欲绝，即时在大会上辞退盟主之位，决归隐一生。大会上引起哄动，武当即时再把一航偷禁锢起来，免误大事。此时，天魔教出现在大会上捣乱，欲霸占盟主之位兼向武当索回其达魔剑法之八式，就在武当不敌之际，裳霓出现助武当驱逐邪魔外道。不料武当之白石道人竟恩将仇报，把抗敌受伤的霓裳打伤，更把她囚禁起来。

武当之白石道人在盟主大会上，力指一航与霓裳之情乃谣言之说，化解各派疑惑，保存武当声誉，令一航得以成武林盟主。白石道人再造谣谓霓裳打伤萼华，而一航竟误信并向霓裳质问，更错手挥剑伤及霓裳，霓裳因一航对自己不信任而非常痛心，负伤伤心离去。霓裳心如刀割，一夜间竟头发尽白，隐姓埋名，浪迹天涯，人皆称之「白发魔女」。

萼华伤重垂危，临死前终不敌良心谴责，将真相告知一航。一航痛心被武当欺骗和出卖，决找霓裳弥补过失。另一方面，鸣珂卒被忠贤之官兵拘捕，忠贤发现鸣珂只要一受刺激即狂性大发，胡乱杀人，遂利用鸣珂此缺点引廷弼上钓，并促使鸣珂向廷弼袭击，实行借刀杀人。廷弼一死，满洲走狗接二连三进攻边土，令朝廷元气大伤，由校遂册封祟焕取代廷弼之位，镇守边关。祟焕更带同已变植物人的鸣珂同行，广觅神医替他治理，其后更与珊瑚再重逢。

自一航离开武当，掌门之位悬空，由新城和绍南择日比武夺位。绍南为夺位竟背叛师门，与奸臣忠贤勾结杀害黄叶道人，其后勇夺掌门之位，但亦因而被忠贤操纵，迫使他刺杀由校。结果由校驾崩，而忠贤等也预先收买御医，讹称诊断由校因中风致死，从而洗脱嫌疑。祟祯继位，他年少无知，轻易被忠贤操纵，派承宗往边疆取代祟焕之位，忠贤得以部署之后满洲攻入城的计划。

承宗并非叛国贼，与祟焕结同一阵线，祟焕与承宗只有等待时机将忠贤铲除。珊瑚重遇霓裳，得霓裳相助为鸣珂运功疗伤。珊瑚一直钟情鸣珂，愿意赤身在冰冷的湖水内替鸣珂解毒，最后再以针灸令鸣珂苏醒，可惜鸣珂却变成失忆，神情呆滞，神医不归亦束手无策。一航四处觅霓裳踪影，竟见一班武当第子欺辱百姓，更听到传闻谓武当恃势凌人，勾结贪官，一航半信半疑，决夜闯武当，查个明白，一航遂知悉绍南勾结忠贤夺得武当掌门之位。

绍南得忠贤献计，为夺取武林盟主之位，设陷阱捉拿各武林人士，并毒杀他们。可是霓裳破坏忠贤一统武林的计划，令忠贤谋反之事受阻。而承宗给忠贤书函表示辽东论兵书已经取到，并表示刺杀祟焕的计划即将成功，也令忠贤疏于防范。另一方面，鸣珂在珊瑚的照顾下，病情开始渐渐好转。而飞龙因红花鬼母是非黑白不分，固执为孙雷报仇而产生误会，飞龙恶斗一番不幸身亡。

一航见霓裳的头发尽白，深感歉疚，决寻觅一株五十年开花一次的「优昙仙花」为裳医治容颜，无奈仙花含苞待放，不知何时为开花日。武当派决团结其他派系剿灭绍南与一班奸臣，散播消息谓武当光复在即，引敌上钓，亦藉此望霓裳会出现协助。果然，霓裳出现与一航双剑合壁，为民除害。而武当亦光复，一航则向武当辞别，远走他方，一直守候在未开的「仙花」旁。另一方面，霓裳则束着一头白发站在绝岭山峰上茫然感叹。