出岛大桥被炸毁后，自卫军的部分兵力暂时撤退了。此时茅葺因为独断安排联合国武检小组一事被指控有叛国罪嫌疑，不但其首相职务遭到解除，还被软禁起来直到局势告一段落为止，就连荒卷都被指控有教唆叛国罪的嫌疑。无人攻击直升机「细腰蜂」开始对出岛发动空袭，大楼和伪装船都在一瞬间被炸毁！而赶着前往出岛的9课所搭乘的直升机也遭到攻击，使得草薙和巴特他们被拆成两队。在草薙寻找久世的同时，陆自的特种部队此时也来到出岛，与巴特他们交火。

草薙接受久世的革命理论，并且命令攻壳车在计算机内存中确保可用空间，以便传送难民300万人份的记忆和灵魂。可是攻壳车却没有完全于草薙的命令，开始进行阻止核弹落下的作战计划，只是没想到用来制造弹幕的那颗主要卫星，却是搭载着攻壳车它们的AI。终于，核弹发射了！草薙与巴特他们听到远方传来攻壳车的歌声；随着强烈的闪光，蕈状云在出岛上空逐渐膨胀……大部分难民、陆特、围攻出岛的自卫队，还有9课在出岛的成员因为攻壳车的牺牲得以保全。茅葺派出航空自卫队秘密部队向美帝核潜艇展示了立场，进而逮捕了官房长官，在准备逮捕或击毙合田的时候发现CIA参与合田的计划，久世死在了CIA的暗杀下。