Dem Innenminister ist bekannt geworden, dass Marcelo Jarti, der Anführer der Jenoma-Revolution, die letzten fünf Monate regelmäßig Japan besucht hat. Jarti ist einer der meistgesuchten Männer der Welt und war bereits Ziel mehrerer Attentate. Sechs Versuche wurden von Kommandos der US Delta Force und dem UK Special Air Service (SAS ) unternommen. Wie durch ein Wunder hat er alle überlebt. Als Jarti nach dem letzten fehlgeschlagenen Attentat nach Japan zurückkehrt, soll Sektion 9 ihm folgen und herausfinden, warum Jarti ihr Land besucht. Unerwartetes geschieht.

Der Leiter der Drogenbehörde wird wegen Mordes in Zusammenhang mit der Razzia im Sonnenblumen-Club verhaftet. Aramaki ordnet an, dass Sektion 9 alle Unterlagen der Behörde durchsieht, um festzustellen, wer der Drahtzieher hinter den Angriffen auf Sektion 9 ist und dafür verantwortlich ist, die Vorfälle mit dem Lachenden Mann inszeniert zu haben.

Der Lachende Mann taucht wieder auf und entführt erneut den Direktor von Serano Genomics, wie schon sechs Jahre zuvor. Sie kehren zu dem Café zurück, wo Serano zum ersten Mal entführt wurde, und sprechen über die Ereignisse von damals. Während des Gesprächs fragt der Lachende Mann Serano, warum er nie sein Versprechen gehalten habe, die Wahrheit zu sagen.

Zwei Jahre sind vergangen, seitdem Sektion 9 mit Gewalt von den Umibozu aufgelöst wurde. In der Zwischenzeit haben sich Mitglieder von Sektion 9 neu organisiert, ihre Stützpunkte wiederaufgebaut und ihre alte Rolle als Spezialeinheit zur Bekämpfung des Cyberkriegs übernommen. Doch das Team ist wie in einem Machtvakuum gefangen, denn obwohl die Gruppe neuformiert wurde, operiert sie ohne Zustimmung der japanischen Regierung, da diese auf das „Gesetz zur Beschränkung von Sondereinheiten“ zurückgriff.

Nach dem nuklearen Dritten Weltkrieg und dem nicht-nuklearen Vierten Weltkrieg (auch Zweiter Vietnamkrieg genannt) verabschiedete Japan ein Gesetz, bekannt als Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik, das Flüchtlinge aus ganz Asien einlädt, nach Japan zu kommen. Hunderte asiatischer Flüchtlinge nahmen Japans Angebot an, kamen ins Land und übernahmen schlecht bezahlte Jobs verschiedener Firmen, welche so ihren Bedarf an Niedriglohnarbeitskräften deckten.