外交大臣及其秘书、后援会长、两名北美产业振兴会客人被艺妓机器人拘为人质，久保回代表军方表示要介入，与不愿放权的警方发生争执，最后此事交由9课处理。突击救出人质后定位了病毒释放者，博马、巴特等人抓住嫌犯，但后者烧毁电子脑中的记忆。久保回告诉荒卷外交大臣的秘书是情报人员，正在调查大臣突然对 “一之濑报告书”感兴趣一事，这是一份在非常时期生效的外交军事计划，认为她的死有隐情，9课介入调查。陀古萨发现大臣被换脑，对方利用大臣的躯体接触到了那份报告书并准备逃往美帝，在机场被及时拦截，大臣的电子脑也被取回。

巴特给自己的塔奇克马使用天然机油。播磨研究学园剑菱重工一台新型战车在调试中失控，九课出动阻止。经调查得知同事根据战车设计者之一加护武的遗愿在他死后将大脑接入战车，取代原先的AI，加护武由于天生体质差对父母有怨恨，由于宗教的原因他无法进行义体化，他认为死后精神摆脱了宗教的束缚便作出这一举动，九课认为他是想向父母报仇。同时荒卷与剑菱高层进行交涉以获得战车的数据并得到应对方法，剑菱方面出于商业利益不愿透露，荒卷指出若此战车造成重大破坏，军队是不会采购它的，最终剑菱妥协，九课用他们提供的专用黏胶阻止了战车前进，素子正要取出加护武的大脑时，加护武的父母突然出现，为防万一素子烧毁了他的大脑，但在向它注入病毒的瞬间，素子感到加护武的大脑处在复杂的情绪下，只是这已无法再获悉了。

发生同一型号的机器人相继自杀事件，调查发现是因为病毒的缘故所造成，九课依据病毒内所留下的线索追缉凶手。

某个下雨的夜晚，德古沙任职于总厅时的旧友山口，为“笑面男事件特别搜查本部”的成员，发觉警察内部有不寻常的举动，便与德古沙联络，希望找他商量这件事，但山口却在开车前往德古沙所在的途中，死于离奇车祸，德古沙于报纸上得知消息，感到此事可能不寻常，便前往参加山口的悼祭，希望能得到点蛛丝马迹，后来从山口的妻子手中拿到一份山口死前寄回家的包裹，里面只有一叠看似无关的照片，德古沙调查后发现这些照片的古怪之处，原来这些照片都是由一种称为“拦截者”的装置所拍摄，为一种设置于眼球内的隐密型摄影机，这种装置的植入需被植入者的同意，但警察内部却不当使用，未经当事人同意，便擅自将特别搜查部的相关职员在进行身体检查时，偷偷植入拦截者，为了不让事情被秘密掩盖掉，素子故意将情报泄漏给媒体，后来因为媒体的批露，引起社会极大的震憾，警视总监为此举行了说明记者会，但为了掩盖这件事背后更大的阴谋，总监在私底下又做了其它的安排，在记者会途中，消失六年的“笑面男”再次以惊人的手法出现，并宣告了警视总监的暗杀预告，为此，沉寂六年的“笑面男事件”再度浮上台面。

荒卷课长猜测记者会上发生的事为警方自导自演，为了得到证据，九课针对目前笑面事件特别搜查部所锁定的重点人物“七尾”，重新进行调查，另一方面，素子因为六年前在笑面男事件时期，不在国内，所以对此事件的了解并不深入，为此素子重新读阅当时的相关记录及报道。六年前的某天，在一个现场直播的节目中，出现一名歹徒，持枪威胁著濑良野基因科技公司社长，要求社长说明某件事实真相，但濑良野社长不从，最后这名歹徒不得已只好放弃，并逃离现场，但整个过程最奇妙的地方在于，所有目击者、包含摄影机画面，都看不到这名歹徒的脸，只看到这名歹徒的脸上被一笑面图案所覆盖，全程目击歹徒面孔的人只有两名未经电子脑化的流浪汉，但他们并没有仔细记住歹徒的特征，这名歹徒也因这笑面图案而被称为“笑面男”，其后发生多起笑面男恐吓企业的案件，很多公司因为这事件而股价大跌，其中受害最深的公司便是“濑良野基因科技公司”，但就在笑面男事件正闹的风风雨雨的时候，这名被评为特 A 级黑客的歹徒却突然消失无踪，濑良野等被恐吓公司也因此股价回稳，虽然警方在这件事的搜查上没有多少进展，但因为这件事闹的满城风雨，在众多的压力下，警方不得已只好成立“笑面男事件特别搜查本部”持续搜查，这个机关一直到六年后的现在仍在运作。来到暗杀预告的当天，素子向课长提案担任警视总监的护卫，获得许可，便前往总监所在的会场，而另一边巴特等人持续监视著七尾的一举一动，在这期间，七尾并没有任何特殊的举动，只是一直在发送著无意义的电子信件，信件经过检查，并没有发现任何奇怪的地方或病毒存在，但就在七尾发送最后一封信件时，才发现这些信件为迟效性分割型病毒，但为时已晚，巴特与德古沙得知后立即冲进七尾所在的房间……

当巴特与德古沙冲入七尾所在房间后，发现原来打从一开始七尾就不在那里，那不过是用来发送病毒的中继站，巴特得知病毒的发送源后，立即与德古沙前往追捕，而此时，七尾却在病毒发送源的所在地好以整暇的等待被缉捕，但在巴特他们前来之前，另一名男子却进入了七尾的房间，并枪杀了七尾，巴特他们来到现场时已晚了一步，七尾这条线索便这样断了。而在警视总监所在会场，因为总监的其中一名护卫感染了七尾所发送的病毒，而发作袭击总监，但被素子成功制止，其后素子护送总监离开，但护送过程中不断发生对总监的袭击事件，所幸最后还是成功安全护送总监离开，于其后对袭击总监的相关犯人进行盘问，却发现除了一开始的护卫是因感染病毒而袭击总监外，其余犯人却都是自发性的个别行为，并无被入侵、感染的迹像，案情依旧陷入胶着。

捷诺马的民主革命指导者、不死的英雄、南美的毒品大王"马赛罗‧贾提" 近五年来频繁出入日本境内，但负责相关事务的外事第一课无法掌握马赛罗在日内境内的大部分活动，因此请求九课调查马赛罗频繁出入境内的原因。九课于新滨郊外山区附近追查到马赛罗的行踪，九课前往该处捉捕马赛罗，但却遭到多位马赛罗的袭击，于制服多位马赛罗后，最后发现马赛罗于此处以灵魂复制装置进行灵魂复制，来量产马赛罗替身，但本人早已死亡，为了让世人相信马赛罗还活在世上，替身的个体间就不能出现差异，以避免被人发觉，因此马赛罗每隔一段时间便会来到日本进行记忆同步。

发生进行义体化手术后的病患其原器官被偷偷转卖的事件，九课怀疑与在地下通路贩卖电子脑装置及器官的海外黑帮有关，因而进行调查，当调查至当时负责此案件但后来发生意外而住院的刑警，遇上两名行迹可疑的男子出现在刑警病房，两名男子见状立即与另一位同伴会合逃逸，九课成功缉捕后，发现原来犯人为新滨医科齿科大学的学生，犯人将进行义体化手术后取出的器官，未经原拥有者同意，擅自重贴器官储存瓶上的标签后，将其非法贩卖牟利。

素子为了寻找笑面男的相关情报，而参加了一个名为笑面男聊天室的网络聊天室。讨论中，参与讨论的成员“贝比鲁斯”，在暗杀警视总监行动的当时，正在侵入现场的网络，之后并在网络上找到由七尾亲手窜改并以七尾为名的认证服务器，从中发现到残留了好几个模拟过的计划，例如再度恐吓大型微机械企业、或锁定改造人食品企业之类的计划，但所有计划都有一个共通点，计划的成功关键都在于迟效性分割型病毒，但暗杀警视总监，却不在原先的计划中，贝比鲁斯更大胆推测，这全是警方自导自演，但当时出现在暗杀现场的攻性防壁却与警方布设的不同，未曾见过，推测这个攻性防壁是笑面男布下的。之后素子从贝比鲁斯的手中得到暗杀总监当时攻击素子替身防壁的攻性防壁。

发生连续多起残忍的凶杀案，被害者的上半身皮肤都被以T恤形状剥离，根据“美利坚帝国”CIA 所提供的情报，前美帝海军中士“马可．亚莫雷迪”涉嫌重大。对于这次事件，CIA 特别要求秘密逮捕并无条件引渡犯人，并派了“佐藤铃木”、“渡边田中”两名专员过来协助调查，九课于调查中发现一个与此事件相关的“落日计划”，在先前的大战中，为使敌国丧失作战意志，由 CIA 所想出的作战计划，计划内容为先让工作人员潜入敌方，与当地人熟悉之后，再用尽所有可能的残酷手法，杀害女人和小孩。此外还发现 CIA 其实并不打算引渡犯人回去，而是要借由意外，让犯人死于逮捕的行动中。其后由佐藤铃木所提供的意见，发现犯人是以下水道作为移动途径，以此线索展开搜查，最后活捉了犯人，交还 CIA。

厚生省的数据库遭到黑客入侵，其中甚至被窃取了 A 级机密以上的资料，但厚生省却反常的对此事件冷处理，当做没发生过，而入侵的来源为隔离重度电子脑自闭症患者的职业训练机构，但此机构内的线路是对外隔离的，种种不寻常的迹象，使九课决定派德古沙扮成研究生潜入机构内调查，进入机构内后，德古沙被所长玛尔达指派照顾一位坐轮椅的少年葵，在潜入期间听闻关于团长的事情，但却得不到任何情报。在德古沙使用地下缆线对外联络时，发现有人曾经使用过相同的线路，在配线箱的盖子上还留有一段文字“I thought what I'd do was. I'd pretend I was one of those deaf-mutes or should I?”。其后潜入所长室，但却被所长发现，并遭到攻击，而被打昏在地，素子及巴特立即赶往救援，但当素子赶到德古沙遭受攻击的现场，却没有发现攻击的痕迹。事后调查关于葵的情报，却一无所获，德古沙想用素描的方式画出葵的脸，却因被更改过记忆，而画出笑面男的图样。

受到巴特特别照顾，使用天然润滑油的攻壳车，在例行的记忆同步作业后，却仍然保有自我意识，并离开九课跑到大街上，在一条巷子内遇到一名正在寻找走失小狗“洛基”的小女孩美树，之后并与她一起前往“海见丘公园”，途中经过一个市场，攻壳车在那意外发现一个电子脑装置，里面居然还有灵魂。海见丘公园里有一座洛基的墓，原来美树早已知道洛基已经死亡，只是假装不知道，而每天寻找著。攻壳车在送美树回家后，回到九课，九课的人员因这件离家出走的突然状况而对攻壳车进行检查，发现可能是巴特给攻壳车使用的天然油造成了攻壳车的差异性，事后素子决定禁用天然油，并接着对攻壳车所带回来的电子脑进行调查，电子脑一直保持在连线状态，但一名鉴识人员潜入后，意识却一直没有回来，并失去了连系，素子决定亲自潜入，潜入后发现原来电子脑内是一座小剧场，里面有许多因沉迷于剧场内放映的电影而不愿回到现实世界的人们，包括先前潜入的鉴识人员，素子离开电子脑后，听取石川的报告，原来这个电子脑装置是一名叫神无月涉的不知名导演的电子脑，因在现实世界中受到资金及人才的影响而拍不出像样的电影，所以希望在电子脑内完成自己心目中的电影，最后素子决定将电子脑从装置中取出，换个容器来装，使它无法上线，清查恢复意识的观众名单，并将贩卖此装置的老板以贩卖人口的罪嫌逮捕。

16年前被极端团体兴国旅团绑架的户久良电子公司社长之女重新出现，海上保安厅在距冲绳岛200海里的一个废弃的海上工厂中发现了她与一群兴国旅团成员在一起，相貌非常接近当年，DNA结果也符合本人。但不久先遣侦查的SST成员与基地失去联系。九课奉命调查。素子、陀古萨，巴特、齐藤分成两组潜入，九课的支援飞机也在不远处盘旋。平台甲板上竟十分热闹，因为附近的船员将它当作贸易集散地，巴特、齐藤循GPS信号找到了一名幸存者，但他精神受到了很大刺激，巴特认为这也许与他曾与对象女孩有过电子脑连接有关，幸存者说女孩成了领袖。另一面，素子、陀古萨找到了女孩，她正在与一名老太争吵，素子接入女孩的电子脑，却发现她并非户久良小姐。此时兴国旅团发现了入侵者开始反攻，激烈战斗随即打响，九课增援赶来顺利完成突围。在飞机上人们发现那个女孩是户久良小姐的女儿，而26岁的小姐却因为长年的残酷经历急速衰老，那名SST成员就是读取了对象电子脑后因为无法忍受而精神失常。

九课在破获一件报复案，主嫌为华南省出身的暴力团团员时；发现该案的报复清单原应只有金融机构，却有位个人投资家横濑兼元的资料也在上面。此时华南省公安局来电，发现疑为团员顾用黑社会杀手的迹象。于是九课为以防万一，开始加强横濑周遭的安全防护并尝试联络横濑…

齐藤在测试新狙击系统时感到机器对义体化较低的自己的发挥有干扰。由于塔奇克马的AI过度发展，少佐找人研究对策。而塔奇克马们则偷偷与那台狙击辅助设备连接，发现它是想消除来自齐藤的影响，致使无法把自己的想法表达出来。塔奇克马们开会讨论素子最近对它们的态度，认为这样下去它们可能被送回实验室，并由之谈到生与死的关系，又谈起美纪（那个找Locky的女孩），并谈起当时的监视者可能是素子的义体。塔奇克马们发现尽管所有经验都被共享，但似乎还是有个体差异存在，比如巴特的专用机总能意识到自己就是专用机。在射击训练场上，专用机问巴特它们会不会被处理掉，并问有Ghost的感觉是怎样的。巴特也说它们变得奇怪了。回到塔奇克马集体中，它们认为人类不喜欢机械过于接近人类，人类希望机械要有机械的样子，它们决定作出机械的样子来博取素子的好感。少佐来找巴特，塔奇克马们用机械的样子回答她的提问，但之后对素子突然找巴特产生疑问，决定对两人的谈话进行监听。少佐由于一直在监视著塔奇克马的举动，所以早有对策。少佐嘴上讲关于巴特不适合担任训练教官的问题以迷惑正在读唇的塔奇克马，暗地里却利用电子脑通讯告知巴特由于AI进化过快塔奇克马将被送回实验室，因为产生自我意识、可能会怕死的机械作为兵器是不适合的。

唱着民谣的塔奇克马们被卸下装备送往实验室，巴特为此闷闷不乐。巴特奉命去调查一起间谍案，以航空队员身份混入军事基地，调查对象柴契夫是前拳击冠军，如今的格斗教官，巴特与之较量，给他留下深刻印象，但最后巴特故意败下阵来并向他讨教，柴契夫很欣赏巴特，邀请他到家中。在那儿，柴契夫回忆唯一的一次拿银牌的比赛改变了他的人生，从此他再未参加比赛。这时有人找他于是谈话结束。次日柴契夫在基地办公室内伺机盗取了情报，巴特则趁他不在自己办公室的机会潜入观察到他的盗取行为，但巴特的监视行为被察觉，柴契夫返回，所幸巴特及时隐藏了起来。但柴契夫产生了戒心，故意找巴特喝酒，借机调查他的身份，但巴特的身份伪造做得很逼真，柴契夫并未看出问题。当晚他去交货，巴特将他们一举抓获。巴特对柴契夫的利欲熏心感到愤怒，因为他曾是柴契夫的忠实爱好者。在巴特提议下，两人又较量一番，这次巴特没有再故意让他，而是击倒了长期疏于训练的柴契夫。巴特完成了任务却仍然闷闷不乐，既是为了柴契夫的堕落，也是为了塔奇克马们。

荒卷与少佐一同出差至英国参加“国际恐怖对策会议”，会议后荒卷想拜访一位经营“葡萄酒基金”公司的老朋友，于是先下车并交待少佐在两小时后再回来找他。那老朋友是位美丽的女性，觉得公司似乎被黑手党用来洗钱，希望荒卷能帮忙。荒卷表示此为英国，随便行动会变越权行为，且老朋友也知道他“不因私情而行动”的原则。但同一时间，两位来路不明的男子潜入了葡萄酒基金公司的大厅……

中国外交次长金到日本鹿儿岛祭拜战亡的英灵，有人放话将暗杀金，九课因而进入警戒状态。荒卷要去老朋友过崎的七周年冥祭，暂且将指挥权交给巴特。过崎是个因电脑硬化症而死去的人之一，在冥祭上，荒卷遇见了他的女儿沙织。沙织对荒卷说最近她弟弟优很反常，越来越像她父亲。优是过崎的儿子，可是优不仅只是样貌像过崎，最近就连说话的口气和种种行为也一模一样。荒卷对沙织表示他不能因为个人的因素而滥用职权后，回到了九课。此时九课已掌握嫌疑最重的杀手资料，荒卷到达后少佐将嫌疑犯的相片交给他，荒卷看到相片上的人顿了一下，居然是过崎的儿子－优……

天空下著雨，在人来人往的大街上，有位文静的少女在等待着什么。突然间，少女消失了。九课的巴特与德古沙正在少女消失的街上搜索关于她的消息，有路人表示对该名少女有印象，但没人看到她是如何消失的。有如此能力的团体只有一个，但该少女是神崎议员的女儿，对那团体是个大麻烦…

笑面男事件因德古沙的努力更进一步厘清，但德古沙因此受重伤。向日葵会大力赞扬村井疫苖对于电脑硬化症有非常良好的疗效，但为何那么好的药却鲜为人知～？

德古沙在急救室里看到荒卷与少佐，指著自己的头说脑并没有受伤，请他们把自己这16小时的记忆取出。九课的人分别体验德古沙受伤的感觉，巴特在感受后特别激动。荒卷课长前往厚生省询问新见局长“向日葵的清扫命令”的理由，在荒卷离开后局长联络的人，正是弄伤德古沙的生化人～…

九课一行人来到厚生省拒捕新见局长，原因是怀疑局长与向日葵凶杀案及今来栖被杀事件有关。由于行凶的疑犯安冈奇鲁班长一直都有记录对话，局长也没办法再多做辩驳就被带走了。荒卷离开局长办公室，坐下楼的电梯时神崎议员出现同行，并透露幕后的黑手是野洲管理长官…

在野党干事长药岛薰议员是个在党内占有龙头实力宝座的人物，而且在“笑面男事件”发生时亦为当时的省生大臣。ArmSuit（重装甲）似乎也是从他那边流出的…

德古沙回到九课报到，荒卷课长令他与自己一向前往首相官邸，在开车前内务大臣紧急联络荒卷并要他看新闻。新闻报道指九课涉嫌绑架濑良野社长，虽然这并非事实，但消息走漏的消息仍让九课有些不安。荒卷指示要大家别慌，照预定计划走。荒卷与首相见面后，将药岛议员不法的资料交予首相，但首相却决定施行特殊部队的法案…会后荒卷与少佐通话，对于少佐的问题没有正面回应，只交待少佐招集全体人员并且“不要死，一定要活下去。”另一方面，久不见的塔奇克马登场，巴特专用机在老人院工作著，看到了九课的相关新闻…

巴特为了想帮素子（少佐）取回她的手表，而到了她的住处附近。另一方面，荒卷找法务部官员以求保住九课成员生还，但因药岛势力过于强大，该官员也无可奈何。塔奇克马（巴特专用机）在老人院顶楼工作告一段落后望着远处的九课建筑，爷爷交给它一颗炮弹，让它坚定救人的心意。塔奇克马回到原是九课建筑的废墟之中，看到巴特留下来的天然机油，此时另外两架塔奇克马（一辆被漆成黄色，另一辆是灰色的）也到了，三台塔奇克马决定合作去救巴特…

素子少佐的意识在肉体被破坏前就已进入网络，经过一段日子审问的德古沙被释放，浑浑噩噩的过日子。他不想相信九课是被荒卷课长所背叛，可是在九课成员都被抓，甚至少佐被宣告死亡的情况之下，课长居然完全无任何音讯。原本德古沙想再找另一份普通的上班工作，但发现自己无论如何都咽不下这口气。他拿起自己的左轮手枪，走到药岛议员所在的建筑前，却有人抢先一步用枪抵着他的背…

自称是“个别的11人”的武装集团突然占领了中国大使馆，并挟持了十数名人质。这时候，因笑面男事件而被迫无限期待命的公安9课则已秘密出动，等待着复出命令，而且这次任务顺利完成会有“新人”加入9课。随着情况越来越恶化，总理终于决定派公安9课攻坚，不过条件却是不能牺牲任何一名人质，并且要在SWAT攻坚前的15分钟内完成。

未能饱食的我，致敬出租车司机，也借此讽刺愚昧的大众，无知的无产阶级，在导演看来缺乏勇气却保有对真实的一丝希望的无产阶级，连最低级的物质需求都没能满足，抱有再多的计划，希望也只是空想。与原片完全相反的方向啊。不过加入了人格分裂的想象一切都更有意思起来。

政经界名人田所会长收到了骇客CASH EYE送来的犯罪预告状。田所会长担心电子钱会被偷走，因此便把自己所有的财产通通换成现金，放在自己大楼的地下金库内。然而不巧的是，犯罪预告日那一天大楼内正好有个聚集了政经界大佬的某种秘密派对要举办，于是9课在茅葺总理的命令下，负责这场派对的警备工作。9课真正的目标调查田所金库以及派对出席人员。

联合演习进行期间，一架装有辅助AI的直升机突然失控，更糟糕的是各地的同型号辅助AI直升机就好像应邀而来一样，开始集中到这架失控直升机所在的空域。根据估算，直升机1小时内将耗尽燃油掉到难民居住区，这时候内阁情报厅的合田突然出现，要求9课协助解决这次事件；碍于情况紧急，草薙他们只好在不明白其事实背后真相的情况下，搭乘攻壳车出击，由合田提供情报并按照其指挥方案阻止直升机的失控。

“个别的11人”寄给茅葺总理一封暗杀预告信，上面有一个奇怪的标志。这个标志曾经在许多恐怖活动当中出现，但是却找不到这些犯人之间有任何关联，其背后到底隐藏着什么样的内幕？此外，9课虽然出面担任总理的贴身警卫，不过犯人还是趁着总理参拜的机会实行暗杀计划，面对逐步逼近茅葺总理的全身义体改造人“久世”，草薙与其交手后却发现其没有杀意。

恐吓能源省的男子突然被杀死并制造意外的假象，德古沙为了追寻他的足迹，于是只身来到招慰难民居住区“东京”。他在那里遇到了该名男子的女友，还发现有某家公司秘密在都厅的废墟里面挖掘以前大战的遗物。只是没想到后来连陆上自卫军也牵涉进来，秘密潜入的德古沙更是遭到武装机甲追杀！最后发现更多谜团后撤回。

政府从新宿地下埋藏的核电厂中回收了钸燃料棒，原本是想从海路运出去，没想到由于事前情报泄漏，竟传出“个别的11人”想出面抢夺的消息。9课接到总理的要求从陆路运送这些钸燃料棒，只是没想到任务指挥官竟然是内阁情报厅的合田；在运送的途中，合田不断加强自卫军官兵的紧张感，更直接出言诱导了一场误杀。货物送达后，合田打开箱子里面是空的，并调明9课只是他棋子中的诱饵。

9课清查相关案件，发现在使用“个别的11人”那个标志的案件中，还有一件有目击者看到可能的嫌犯，于是立即展开监视行动企图抓到该名男子。9课在电视上发现有人知道“个别的11人”及其相关事件的时候目标终于出现了，不料公安1课此时为了别的案子也打算逮捕他，并且早巴特一步展开行动；该名男子最后在冲突当中死亡，至此9课与1课的人才发现双方都被设计了。

新滨与福冈都发生了自杀炸弹攻击事件，那是因为找不到生存希望的人们，将自己的身体变成了“自杀炸弹”。9课为了阻止事件再度发生而疲于奔命，虽然好不容易阻止最后一个自杀炸弹客，可是难民和一般国民之间的“仇恨连锁”却已经开始转动了。另一方面，草薙单独潜入内阁情报厅，成功入侵十手巨人系统，大量资料为基础构建的虚拟人格以合田的姿态跟草薙接触，了解到一些关于合田行动的真相。

德古沙在非执勤时间，为了救一名女子不得已开枪伤人。法庭上德古沙原本只是证人，却在被告辩护律师巧妙的引导下，反而成为这起“不幸意外事件”的始作俑者。面对强词夺理的律师，以及打算以义体控制系统出错为由来脱罪的被告，德古沙的正义感爆发了！知晓“剧本”背后真相的草薙及时侵入德古沙扭转战局，最后事件与9课制造的“天罚”告终。

草薙目前正在担任9课新人录取测验的教官，然而当她躲过训练生的跟踪之后，却走进了一条有着不可思议感觉的巷道。草薙虽然怀疑自己遭到入侵，却还是沿着巷道来到一家名为“牢记物店”的奇妙商店。店主用平静的声音跟草薙打招呼之后，随即表示这里是寄放客人外部记忆的店，并约定在草薙下次到店里来的时候，要告诉她有关于一对少年少女义体的记忆。

IR系统在长崎沿岸捕捉到久世的影像，草薙等一行人认为这是千载难逢的机会，急忙赶往现场想逮捕久世，而波玛他们则是留在9课继续潜入川岛的外部记忆，以确认「个别的11人」是由病毒诱发的可能性。草薙他们最后虽然在鹿儿岛战殁者慰灵塔的影像上面找到久世，却发现久世与前来慰灵塔集合的一群“个别的 11人”正在九州岛塔的屋顶上，互相砍下对方的头，集体自杀中出现异样活下来的久世又消失在黑暗中。

9课为了追查集体自杀案件，必须抓到久世。鉴识官从画面上推断久世的脸可能是造颜作家的作品，并且锁定了两名可能的目标，然而巴特他们却在监视器画面上看到帕兹杀了其中一个造颜作家，而且指纹和唇纹都指向帕兹。犯人当然不可能是帕兹，可是肯定和他有关系，从造颜作家的近期客户中，帕兹似乎得到了什么线索，独自前往某个地方。

由于美帝特使来访，9课于是进入了严格警戒的状态，不过一旁待命的队员们却玩起了梭哈打发时间。奇怪的是，斋藤在这种靠机率的游戏当中，竟然一路赢个不停，这是因为斋藤不管拿到什么牌都会用能够取胜的恰当表情，标准的一副扑克脸。正当大家输得一肚子火的时候，斋藤谈起了他左眼的故事，以及他怎么变成扑克脸的过程。

攻壳车们趁着硬件维修的时候，集体讨论关于个别的11人的事情，不过它们发觉个体间的个性差异似乎有加深的趋势，甚至觉得有另一个第三主体在别的地方看着自己。正当它们议论纷纷的时候，位于播磨的研究机构突然发生不明爆炸，并且有一名研究员企图逃到外国。事实上，这位研究员正是攻壳车AI芯片的设计者，换句话说就是攻壳车的生父，而经由他的口中更是说出了另一件惊人的事实，原来攻壳车的AI芯片居然在卫星上面。

石川到半岛去调查久世的过去，并且找到很多有趣的情报。另一方面，由于个别的11人自杀事件引起一般国民的反弹，到处都出现反难民的示威活动，但是这些活动反而让难民们更加团结，甚至还产生了一个有能力领导难民的人物。大量难民往出岛居住区集合，使得政府开始担心武装暴动的可能性；情势越来越混乱，也越来越按照合田计划的方向进行。

草薙亲自到台湾来查久世的相关情报，却因为班机停飞而必须多留一天。难得偷闲的草薙在难民区内四处观察，偶然间她遇到了一个难民少年，因而卷入与黑帮有关的事件当中。这个名为“查”的少年对久世非常的崇拜，他和伙伴偷了黑帮的可卡因想卖给另一个黑帮，结果落入黑帮的陷阱，草薙及时赶到救走了他。草薙对久世所到之处了解越深越发对久世笼络人心的方式感到疑惑。

巴特与草薙加入调查国际恐怖份子的行动，可是面对这个每次作案都用不同义体和长相的犯人，项目小组只能用守株待兔的方式等他出现。这时候，巴特发现一个奇怪的小女孩独自来到教堂，而且彷佛能够洞穿光学迷彩看到巴特的存在，好奇的巴特于是去看小女孩的日记，发现她父亲跟她见面的时间都是在恐怖攻击的前一天，很可能这个小女孩的父亲就是恐怖份子“天使之羽”，于是巴特埋伏在小女孩与父亲见面的教堂内。

招慰难民们的同步行动扩大成了自治区宣言。为了对付这个状况，草薙潜入中枢计算机想要找到久世的藏身处并且逮捕他。然而在跨越灵魂界线之后，草薙却发现自己好像认识久世！由于发现事实之后的精神恍惚，使得草薙没有发现久世的陷阱，因而导致突袭久世藏身地点的9课实际上是进入了陷阱。

北端的择捉，那是一座旧型的计算机都市以及浑沌的漩涡。9课根据不完整的情报推测出久世的目的之后，随即出发前往旧苏联的核子潜艇基地遗址。草薙甚至在情报贩子的数据库里面找到钸元素交易的记录，以及内阁情报厅可能涉入的痕迹。只是没想到当9课到达时，难民和陆自武装机甲早已经在那里打起来了。

久世与9课之间有着动机上的些微差距，这使得他能够打败巴特，并突破包围网回到目的地「出岛」；至于9课则是惨败，不但巴特与石川受了伤，甚至连倾斜旋翼机都失去了。不过，久世最后并没有拿到钸，箱子里面根本是空的容器，有证据证明这一切都是内厅安排的剧本，然而久世并没有说出真相，选择独自运送箱子去长崎，掩护久登陆长崎的大停电又让一般国民与难民的关系更加恶化了。

有人在九州岛电波塔上面，也就是「个别的11人」自杀的地方安装了钸元素炸弹，此时的街上为了拆解炸弹而变得空无一人，但巴特却自己一个人邀合田到电波塔顶楼谈话。另一方面，内阁已经决定在拆除炸弹后就召开记者会，宣布派遣陆上自卫军进攻出岛。9课想尽办法终于拿到炸弹里面的钸元素，不过这些钸元素真的就是当初内厅拿到的那些吗？

处理完九州岛电波塔内的核弹之后，政府正式决定派自卫军到出岛。虽然茅葺没有办法反抗内阁会议的决定，但荒卷建议她向联合国提出派遣核武检查小组的申请，只要草薙他们能够躲藏到两天后小组到达日本，或许事情就会有转机。然而草薙在跟荒卷失去连络之后，却决定要带着钸潜入出岛去找久世。

出岛大桥被炸毁后，自卫军的部分兵力暂时撤退了。此时茅葺因为独断安排联合国武检小组一事被指控有叛国罪嫌疑，不但其首相职务遭到解除，还被软禁起来直到局势告一段落为止，就连荒卷都被指控有教唆叛国罪的嫌疑。无人攻击直升机「细腰蜂」开始对出岛发动空袭，大楼和伪装船都在一瞬间被炸毁！而赶着前往出岛的9课所搭乘的直升机也遭到攻击，使得草薙和巴特他们被拆成两队。在草薙寻找久世的同时，陆自的特种部队此时也来到出岛，与巴特他们交火。

久世他们击落自卫军的预警机，解除了笼罩在出岛的ECM(电子干扰措施)。此时9课的成员接到攻壳车的报告得知美帝核子潜艇已开启核弹发射口，于是只 好设法尽快离开出岛；在此同时，德古沙冲进茅葺的房间，荒卷他们也开始策划如何避免最坏的情况发生。另一方面，草薙终于找到了久世，不过此时出岛又再度遭 到自卫军猛烈的飞弹攻击，两人也因为剧烈的爆炸而一起被困在地下。久世在地下对草薙诉说了他的“革命”。

草薙接受久世的革命理论，并且命令攻壳车在计算机内存中确保可用空间，以便传送难民300万人份的记忆和灵魂。可是攻壳车却没有完全于草薙的命令，开始进行阻止核弹落下的作战计划，只是没想到用来制造弹幕的那颗主要卫星，却是搭载着攻壳车它们的AI。终于，核弹发射了！草薙与巴特他们听到远方传来攻壳车的歌声；随着强烈的闪光，蕈状云在出岛上空逐渐膨胀……大部分难民、陆特、围攻出岛的自卫队，还有9课在出岛的成员因为攻壳车的牺牲得以保全。茅葺派出航空自卫队秘密部队向美帝核潜艇展示了立场，进而逮捕了官房长官，在准备逮捕或击毙合田的时候发现CIA参与合田的计划，久世死在了CIA的暗杀下。