외무부 장관 일행이 일본 기생 로봇에게 인질로 붙잡히는 사건이 발생한다. 현장에 급히 출동한 공안 9과 쿠사나기 모토코 일행은 억류된 외교관을 무사히 구하는 데는 성공하지만, 과장인 아라마키는 이 사건에 군의 기밀 정보가 포함된 중요한 서류인, “1의賴” 리포트를 둘러싼 커다란 음모가 소용돌이치고 있음을 발견한다. 공안 9과는 이 서류가 해외로 유출되는 것을 막을 수 있을 것인가?

켄비시 중공업의 테스트용 인공지능 전차가 갑자기 폭주하기 시작한다. 인공지능 전차의 정식도입이 결정되기도 전에 갑자기 일어난 사고로 이의 해결을 위해 공안 9과에 출동 요청이 들어온다. 공안 9과는 타치코마 6대로 출동해 민가가 없는 지점에서 폭주하는 전차를 맞아 효과적으로 공격하기로 계획을 세운다. 그러나 모토코 일행의 노력에도 불구하고, 전차는 폭주를 멈추지 않는다. 본래 전차가 지니고 있는 능력이상으로 폭주하는 전차는 어디로, 어떤 목적을 향해 달려가고 있는 것일까?

곳곳에서 구식 안드로이드 제리가 일제히 자살하는 사건이 일어났다. 원인은 바이러스 감염이었지만, 바이러스의 공격을 받지 않은 단 한 대의 제리가 어떤 남자와 도망가고 있었다.

6년 전에 일어났던 기업 테러. ‘스마일 맨 사건’을 쫓던 경찰 특수부 야마구치는, 미심쩍은 움직임을 눈치챈 직후 자동차 사고로 숨진다. 사고 직전에 야마구치로부터 의혹이 담긴 사진을 받은 도그사는, 경찰 내부에서 부정 사용된 감시 장치의 존재를 알게 된다. 그 사건 속에서 ‘스마일 맨’이 다시 보이지 않는 모습을 드러냈다…….

인터셉터 부정사용 의혹 기자회견장에서 일어난 ‘스마일맨 출연 사건’ 아라마키는 이 소동이 경찰의 자작극일 것이라고 의심을 품는다. 중요 참고인인 나나오를 조사하는 공안 9과. 한편 쿠나사기는 과거에 일어났던 스마일맨 맨 사건을 독자적으로 조사하던 중 경찰총장을 호위하겠다고 자청한다.

경찰총장 암살예고 일, 회식장에서 나나오가 퍼뜨린 시한성 바이러스에 SP가 감염되어 발병하는 사건이 일어난다. 그러나 바이러스와 관계없는 폭주도 연발하여 일어나, 사건은 혼란에 빠진다. ‘자칭 범인’들로 넘쳐나는 경찰 취조실. 그런 소동 한가운데에서 아라마키와 쿠사나기는 어떤 장소로 향한다.

몇 번이나 암살당할 뻔했지만 그때마다 기적적으로 살아 돌아온 남미의 국민적인 영웅 마르셀로 저티. 그가 빈번하게 일본을 들락거렸다는 정보를 입수한 공안 9과는 바로 조사에 착수한다. 조사 결과, 폭력조직과 관련이 있다는 사실과 일본을 방문한 이유가 밝혀지는데….

장이식 수술을 받은 소녀의 심장이 제공자의 허락 없이 이식된 것이라는 제보를 받은 쿠사나기. 조직적인 장기 밀매일 가능성을 감지한 공안 9과는 조사에 들어간다. 수술을 받은 소녀와 같은 나이에 온몸을 의체화해야 했던 쿠나사기는 평소와는 다른 감정을 품고 사건에 임하고…. 그 가운데, 상상조차 못했던 진범의 모습을 보게된다.

인터넷 마스터인 ‘산파’가 연 채팅방 ‘래핑맨의 대화방’에 J.D, 빙글빙글, 카나비, 베이비 루스, 크로마가 참가하여 스마일맨 사건에 대해 추리한다. 과연 그들은 사건의 진실을 밝혀낼 수 있을까?

여성의 피부를 벗겨 죽이는 잔인하고도 엽기적인 연속 살인사건이 일어난다. 바트는 이 사건을 접하면서 잊고 싶었던 자신의 과거를 떠올리게 된다. 차차 사건의 배후가 밝혀지고 그 속에서 상상치도 못했던 CIA의 극비 정보가 드러난다. 그리고 그 사건의 결말은…….

전뇌 폐각증 환자들을 수용한 복지시설에서 후생노동성을 해킹하는 사건이 일어난다. 심상치 않은 범인의 수법과 부자연스러운 후생노동성의 움직임 때문에 아라마키 국장은 토구사를 시설로 잠입시킨다. 그곳에서 토구사가 본 이상한 광경이란?

천연오일을 주입한 다치코마 한 대가 스스로 작동하기 시작한다. 몰래 빠져나온 다치코마는 길에서 개를 찾고 있는 한 소녀를 만나 돕게 되고 개를 찾아가는 과정에서 다치코마가 주운방어벽 없는 전뇌가 공안 9과에 소동을 불러일으키는데...

테러리스트 집단 흥국의 여단에 유괴 당하여 행방불명 되었던 소녀 에카. 16년 만에 발견된 그녀는 유괴 당했던 16년 전과 똑같은 모습이었다. 이를 조사하던 해상 보안청의 선발대원들이 흥국의 여단의 거처인 해상 공장에 들어간 뒤 소식이 끊기자 9과 대원들은 수사를 전개하는데...

중국에서 온 킬러 펨이 개인 투자가로 성공한 대부호 요코세를 노린다는 정보를 입수한 9과는 요코세 보호 작전을 펼친다. 그러나 요코세는 호화 저택의 위치 외에는 모든 게 베일에 가려진 인물이었다. 과연 9과 대원들은 암살을 막을 수 있을까? 그리고 베일에 싸인 인물 요코세의 정체란?

AI에게 있어서의 생과 사의 문제, 고스트·신의 개념, 자신들의 존재의의 등에 대해 관심을 갖기 시작한 다치코마들. 그러나 쿠사나기 모토코의 태도에서 심상치 않은 기색을 감지하고, 어떻게 대응해야 할지 의견을 나눈다. 그리고는 폐기처분을 피하기 위해 어떤 행동을 취하기로 하는데...

바트는 군의 기밀정보를 빼돌린다는 스파이 용의자 자이체프를 체포하라는 명령을 받고 해군으로 위장하여 자이체프에게 접근한다. 자이체프는 의체의 빈틈을 공격한다는 주특기로 세계를 석권했던 복서였다. 바트는 한 때 동경의 대상이기도 했던 이 복서와 임무를 떠난 한판 승부를 겨룬다.

런던에서 열렸던 국제테러대책회의에 참석한 뒤, 옛 친구를 만나러 은행에 갔다가 예기치 못한 사건에 휘말리게 된 아라마키 국장. 그러나 아라마키 국장은 위기에서 벗어날 계획을 차근차근 펼쳐나가는 한편, 쿠사나기 모토코는 그런 아라마키 국장의 행동을 예상하고 구출 작업에 나선다.

아라마키 국장은 죽은 동료의 딸에게 최근 동생이 이상해졌다며 조사를 부탁받지만, 사적인 사유로 직권을 남용할 수 없다며 냉정하게 거절한다. 그러나 중국 외무차관 암살 예고 사건을 조사하던 9과의 수사 결과 떠오른 가장 유력한 용의자는, 바로 죽은 동료의 아들이었다.

칸자키 전 수상의 딸 레이코가 실종된다. 수사를 의뢰받고 조사하던 9과는 그 수법을 통해 북방 마피아의 소행일 것이라 추정한다. 그러나 왜 하필 자신들을 비호해 왔던 칸자키의 딸을 납치한 것일까? 범행의도를 파악하지 못한 상황에서 주범의 정체가 드러난다. 범인은 러시아의 대외정보국 공작원이었던 쿠르츠코바였다.

스마일맨 사건의 진상을 밝혀내기 위해 독자적으로 움직이던 도그사. 후생노동성에 무언가가 있다고 보고 후생노동성 자료를 조사하던 도그사는 무라이 백신 접종자 목록이 없어진 사실을 알아낸다. 그리고 무라이 백신과 관련이 있는 NPO단체 해바라기 모임을 찾아갔다가 절대 절명의 위기상황에 처한다.

9과 대원들은 `스마일맨` 사건의 진상을 알고 있는 인물, 이마쿠르스 히사시를 확보하기 위해 전력을 다한다. 마약 강제진압반과 격렬한 전투를 펼치는 과정에서 암슈트와 붙게 된 쿠사나기 모토코는 이마쿠르스 히사시의 안전을 확보하기 위해 몸을 던진다.

아라마키 국장은 행방불명되었던 형의 소식을 듣고는, 함정인줄도 모른 채 형이 거주했던 난민거주구역으로 향한다. 이 무렵 쿠사나기 모토코에게도 마약 강제진압반의 마수가 뻗히고 있었다. 이렇게 궁지에 몰려있는 쿠사나기 모토코 앞에 `스마일맨`이 나타나는데…

세라노 게노믹스사의 어니스트 세라노 사장 앞에 모자를 덮어 쓴 수수께끼의 인물이 나타난다.‘스마일맨’사건의 발단이라고도 할 수 있는 6년 전의 유괴사건과 똑 같은 수법의 범행 때문에 경찰청은 초긴장상태다. 공안9과도 스마일맨을 구속하기 위해 행동에 나선다.

아라마키 국장은 스마일맨 사건의 배후에 감춰져 있는 검은 막을 걷기 위해 계책을 세우지만, 공안9과를 무력으로 제압하려고 소속 불명의 전투 부대가 공안9과 시설을 공격한다. 쿠사나기는 공안9과 시설을 포기하고, 전원 도주와 잠복을 명령하지만, 이미 잠복지까지 점령당하였다.

아라마키 국장은 9과 대원들을 구하기 위해 움직인다. 한편 바트는 쿠사나기 모토코의 은신처에 갔다가 잠복하고 있던 추적자들의 공격을 받지만, 다치코마 덕분에 목숨을 건지고는 쿠사나기 모토코와 함께 탈출을 도모하는데…

도그사는 야쿠시마 간사장이 체포되었다는 뉴스를 듣고 격분한다. 자신들이 싸워온 이유를 알 수 없게 된 도그사는, 총을 호주머니에 숨기고 검찰과 보도진들이 진을 친 여당 본부로 향하는데…