À l'hôpital après sa blessure, Togusa est inconscient. La Section 9 plonge dans ses derniers souvenirs enregistrés pour connaître les événements précédant l'attaque. Ils remontent la piste de la fuite sur le vaccin. Il s'agit du Dr Imakurusu. La Section 9 tente de le récupérer avant que l'unité d'assaut n'arrive. Suivant une violente confrontation, le Major est blessée. Le Dr est également blessé par balle, tandis que Batou reçoit le dossier manquant par un homme qui serait le Rieur.

Le Rieur kidnappe à nouveau Serano, le PDG du groupe Serano, comme il l'avait fait il y a de ça 6 ans. Alors qu'ils reparlent des événements qui se sont passés la première fois, la Section 9 découvre que la médiatisation du Rieur a été créée de toute pièce afin de manipuler l'opinion et les marchés. À la fin de l'épisode, il est révélé que le Major s'est déguisée comme le Rieur afin de confirmer les liens entre Serano et le Secrétaire Général Yakushima.

Gino, ancien militaire, transporte des personnalités dans un hélicoptère. Il rêve de changer le monde en tuant les personnes qu'il croit compromises.

Le premier ministre ayant reçu des menaces de mort, la section 9 se retrouve chargée de sa protection.

Le corps d'un individu ayant menacé le gouvernement est retrouvé détruit. Togusa est chargé de l'enquête qui va le conduire à Tokyo.

En rentrant chez lui, Togusa tente de porter secours à une jeune femme en vain. Il parvient néanmoins à neutraliser le tireur ce qui va lui porter préjudice lors du procès immédiat.

Au cours d'une partie de poker, Saito raconte une histoire sur ce que serait son passé, bluff ou réalité ?

Kuze a réussi à échapper à la section 9 et prend la direction de Dejima.

Un missile nucléaire est lancé du sous-marin, les Tachikomas vont essayer de l'arrêter. Kusanagi et Kuze se retrouvent coincés sous des décombres.