与女友相交多年的刑警梁仁杰，因女友死于一场电梯坠落事故身亡后而陷入情绪低潮，这件离奇的电梯事故被当成意外结案让他愤愤不平；仁杰深信女友的死因并不单纯，认为这不是普通的意外，但负责调查该案件的上司柏叔却快速结案，不给他调查的机会。于是梁仁杰开始冲撞侦查体制，使得长官以及同事对他有诸多不满并产生微词。

梁仁杰查到了快递员的住址，正当他准备抓捕快递员时，软件显示梁仁杰有一项任务，梁仁杰认为目前最主要的是找出女友死因，但却因抵抗CODE给的指令，却反而导致线人丢了性命，连女友死因的线索也因此中断，让他不由得开始思索CODE的可靠性。然而CODE彷佛有读心术，总是突如其来在恰巧的时间提供梁仁杰破案内幕，让仁杰开始放下心中疑虑。执行CODE给他的指令，慢慢陷入这个神秘软件的神灯魔力。

起初，梁仁杰在港口的货车里并未找到毒品，神秘人告诉他，不要放弃，毒品还在车里；最后在 CODE的帮助下梁仁杰终于找到毒品。梁仁杰屡破大案，柏叔和他都受到了长官的嘉奖。梁仁杰利用自己警察的身份参与调查一些案件，因此获得志琳死亡的线索。在调查过程中，他发现柏叔参与了一些销赃、洗钱等不法行为，并与若云的死亡有关，梁仁杰申请将柏叔关押。这让他在警局内声誉大增，仁杰开始倚重对CODE的依赖，并对着CODE许下了第一个愿望--找到害死女友的真凶。

梁仁杰如约去见杜子欣，希望从中获得一些线索。杜子欣告诉梁仁杰，其实自己也没有直接的证据，但是她坚信电梯事件并不单纯。杜子欣还是告诉梁仁杰CODE是一个流传在暗网界多时的神秘传说，只要向这个软件许愿，愿望就能成功，但必须以还愿作偿还代价，但最可怕的却是，看似许愿的CODE，背后却牵扯出多起意外死亡事件，甚至杜子欣的亲人也为CODE所害，看似无相关的意外事件抽丝剥茧下，竟都彼此有关连！

梁仁杰在疑惑之时找到柏叔，柏叔告诉他，在某些特定情况下，尽管看起来是无罪的，他也可能有罪；相反的，看起来是有罪的，也可能是无罪的。Hank的虚拟游戏被入侵、梁仁杰、杜子欣、Hank也开始受到不明黑衣人的攻击…三人终于了解，CODE就像无孔不入的监视器，掌握所有人的一举一动，没有人能逃离它的监视，而且他可以模仿任何人的声音，来混淆视听。

子欣和仁杰伪装成记者去采访兰利科技的人，他们想要知道兰利近几年来秘密开发的项目信息，却被告知没有。另一面，兰利的执行长找到首席程序设计师冯昱德，告诉他不要忘掉七年前的那件事，一旦事情曝光，对两人都没有好处。一名黑衣女子李媛出现在梁仁杰面前，原来她为了要救命在旦夕的儿子，被迫许愿后，至此在CODE中扮演”监视者”的角色，负责监督所有玩家是否能如期完成任务。

为了揭开CODE背后阴谋， 梁仁杰、杜子欣、李媛、Hank四个人开始连手追查，李媛交出自己的手机让Hank破解。却遭到CODE的反制而陷入胶着，四人只好直接绑架科技公司兰利集团的领导人方文涛，想直接对质探查兰利与CODE的关系，但方文涛回复毫不知情，只愿配合四人找出CODE幕后指使者。Hank 藉由李媛的手机找出了讯号发出的位置，是一处位在偏僻郊区的民宅，民宅内只有一名中年独居女子，看不出有任何异常。

梁仁杰等人发现了方文涛和七年前那场爆炸案有关，他们认为那场爆炸是他们之间恩怨的关键点，他们坚信方文涛接下来会有小动作。果不其然，兰利集团首席程序设计师冯昱德，接受方文涛的指示后出国避风头，梁文杰得知此事后企图抢先一步带走冯昱德，但冯昱德在接到一通电话后忽然冲进另一辆车，随之车辆即刻爆炸。

城市内的炸弹陆续的爆炸，梁仁杰等人却无力阻止。方文涛认为自己不是胡慧明锁定的下一个目标，她的最终目的，应该是要藉由CODE来摧毁尚在测试阶段的先知量子中心。为了找出CODE在城市中渗透的足迹好加以摧毁，兰利在挣得市政府的同意后，提前启用先知系统，希望透过先知系统的强大的能力来搜查并消灭CODE软件。警方也组建了临时小组，有梁仁杰带队。

梁仁杰终于逮到胡慧明，但胡慧明却早已将手中装有CODE程序代码的硬盘破坏殆尽，坏掉的硬盘被带往兰利集团。另外，李媛的孩子被挟持，逼迫李媛身绑炸弹来胁迫仁杰，眼看炸弹即将爆炸，仁杰一边要找到失踪的孩子，一边要想办法解除炸弹，城市的炸弹危机面临前所未有的困境…