Lain vient d'entrer au lycée, mais elle a du mal à se faire accepter par les élèves de sa classe. Elle est très solitaire et, à part Alice, personne ne lui parle. Chisa Yomoda, une de ses camarades de classe, s'est suicidée mais personne ne connaît les raisons de son acte. C'est une semaine après que Lain et d'autres filles de sa classe reçoivent d'étranges mails de Chisa.

Existe-t-il un vrai « moi »? Qui suis-je? Où suis-je? Lain est perdue... Si personne ne s'en souvient, cela veut dire que ça n'est jamais arrivé.