자살한 학생으로부터 메일이 도착한다.흥미 반 두려움 반으로 학교중의 화제가 되었다. 사람과의 교제에 서투른 레이는 이 날 처음으로 몇 안되는 친구들로부터 그 소식을 들었다.귀가 후, 레이는 자신의 방에 있는, 드물게 밖에 여는 일이 없는 NAVI를 켠다. 거기에는 자살한 학생·치사로부터의 메일이 와 있었다.

젊은이들로 붐비는 클럽 사이베리아. 내키지 않지만, 아리스의 권유를 거절하지 못하고 레이는 클럽을 방문한다.문 너머로 펼쳐진 이곳은 분명 레이에게 익숙치 않다.그러나, 전날 밤에 사이베리아에 온 3명은, 거기서 말투도, 복장도 전혀 다른, 레이와 많이 닮은 아이를 보았다고 하는데…….

다음날 학교에서는 사이베리아 사건이 화제가 되고 있었다.어젯밤 레이를 혼자 남겨두고 돌아가버린 앨리스는 레이에게 말을 걸려고 하지만 이야기를 듣고 싶어하는 반 친구들에게 둘러싸여 꼼짝할 수 없었다.하교 때 레이는 신발장 안에서 작은 봉투를 발견한다.안에는, 1센치 사방의 IC칩이 들어있는데…….

Some players of a Wired game called PHANTOMa are dying suspicious deaths. Lain investigates, but her growing interest in the Wired worries her father, as well as classmates Mika and Alice.