A la gente le está llegando mensajes por correo electrónico de una chica que se suicidó la semana anterior (Chisa Yomoda), quien proclama que sólo dejó su cuerpo, pero que aún reside en la Red, y que Dios también está allí. Después de recibir alguno de esos mensajes, la introvertida Lain se interesa por las computadoras y le pide a su padre una de mayor potencia.

Arisu, Juri, y Reika llaman a Lain debido a que vieron a su "doble", Lain decide unirse a Arisu y sus amigas quienes irán de nuevo a Cyberia para asegurarse de que no es la misma Lain. No obstante, Lain se ve involucrada con un tiroteo en el club debido a un hombre que estaba bajo la influencia de una droga-dispositivo nanotecnológica Accela. Lain recibe su nueva computadora.

Lain se entera de que está siendo espiada por unos agentes desde un coche cerca de su casa. En la escuela, Lain recibe de manera anónima un misterioso chip psique, acerca del cual le pregunta a su padre, y luego a Taro en el club Cyberia. Taro luego le dice que la ha visto en la red pero que su personalidad es completamente opuesta a la de la realidad. Finalmente Taro le explica cómo instalar el dispositivo en su computadora.

Varios rumores son difundidos sobre Lain en la escuela y en la red con relación a los numerosos jóvenes estudiantes de varias escuelas que se han suicidado, debido a la adicción al juego en línea PHANTOMa. Lain se dedica a investigar solamente las muertes causadas por un grupo élite secreto de hackers conocido como Los Knights.