王新命请陈廷敬到自己的别院，还摆出一副两袖清风的架势。陈廷敬无意中发现他家中摆着价值连城的瓷瓶，就不动声色向他了解霉米换新米的真相。陈廷敬开棺验尸，当场揭穿汤宾用霉米换好米的铁证，可他绝不认错。

汤宾之死引发了朝堂的争议，康熙下旨免除陈廷敬的职务，宣陈廷敬回京。陈廷敬之女采薇因为担心父亲，向明珠之子容若求助，陈廷敬夫妇试图阻止采薇和容若之间的情缘。明珠私下来见陈廷敬，提出交易，陈廷敬拒绝。

郭秀带汤福慧来和陈廷敬汇合，汤福慧误以为陈廷敬是害死她父亲的贪官，陈廷敬向她讲明真相，汤福慧得知郭秀还活着，就说出父亲临终前的遗言，汤宾千叮咛万嘱咐她一定要好好祭拜郭秀的灵位，陈廷敬断定此中必有玄机，就让汤福慧带路回家找灵牌。

明珠提出让王新命捐出所有的家产，康熙答应免去王新命的死罪，发配到边疆。陈廷敬带着儿女一起种庄稼，让他们体会一下耕作之苦，这样才能理解百姓的不容易。明珠派人给陈廷敬送来请柬，陈廷敬准时来赴约，明珠极力拉拢他，想和他一起联手对付索额图。

容若宁愿放弃家里的荣华富贵，也要为自己争取自由，明珠只好答应他的请求，明夫人心急如焚。采薇赌气把自己关在房间里不吃不喝，王瑶卿心急如焚，陈公子也劝王瑶卿成全采薇和容若，可她坚决不干。陈廷敬带来饭菜，苦苦规劝采薇，采薇伤心地大哭不止。

陈廷敬之子陈壮履私下向容若求救，容若瞒着陈廷敬，帮壮履救出了陈廷愫。康熙询问陈廷敬营救逆党一事，陈廷敬为了掩护容若，只好承担罪责，愤怒的康熙让他回家“养病”，宝泉局一案被迫停滞。郭秀为陈廷敬喊冤，康熙让郭秀去私下查明逆党一案的真相。

康熙把陈廷敬遭人诬告的奏折拿给文武百官一一过目。明珠提议让陈廷敬官复原职，康熙当即下旨恢复陈廷敬的官职，重新审核户部的账目，还让明珠协助他。陈廷敬和郭秀等人首先查封了宝泉局，所有人员只许进不许出。

陈廷敬对容若好言相劝，还带来一首诗作当贺礼，容若心里苦不堪言。采薇赌气不吃不喝也不说话，王瑶卿心急如焚。婚宴结束，容若也醉得一塌糊涂，他掀开了新娘子的红盖头。陈壮履到处找不到汤福慧，他心神不宁，陈廷敬提醒他明天就是乡试的日子。

壮履从丁大治口中套出，解元可以花钱买。根据壮履的情报，陈廷敬审问丁大治，丁大治招供自己是从济善家奴丁三手里买的考题。郭秀去济善府抓丁三，但丁三已经失踪。陈壮履告诉陈廷敬，徐乾学的儿子徐树屏也是靠作弊考中的。

郭秀试探出徐树屏身上有疑点。牢中的济善也突然招供，表示一切都是王振业指使自己做的，考题则来自内侍八喜。陈廷敬下令抓了八喜和王振业。王振业承认一切都是自己与济善合谋的，陈廷敬发现口供的细节对不上，怀疑另有隐情。

王振业在牢中上吊自杀，留下的遗书中又一次指证了宁布海。八喜交代自己之前的口供是徐乾学逼他说的，而自己并不认识济善与王振业。陈廷敬找上徐乾学，指出他的儿子徐树屏考试作弊。

陈壮履迟到，且因宿醉而写不了字，徐树屏也答得一塌糊涂，坐实了两人科场作弊的罪名。索额图命人上折子揭露陈壮履在御考前夕召妓玩乐。康熙让陈廷敬亲自审问陈壮履。

索额图被康熙处罚，夺去爵位，降为四品佐领。顺天乡试重考，由康熙帝亲自主持。陈廷敬宣布顺天乡试舞弊案结案，其子陈壮履等作弊考生被革去功名，发配宁古塔。王夫人要陈廷敬赐她一纸休书，她也要随陈壮履去宁古塔，陈廷敬进退两难。

徐乾学为救儿子，向明珠献出了家传的《古诗四帖》。陈廷敬的兄长陈忘机担心陈廷敬在官场陷得太深，但陈廷敬依然相信康熙是个明主。康熙命陈廷敬监修明史，却因为史官坚持真相而触犯了康熙的忌讳，陈廷敬挺身而出保护史官，令康熙失望。

王继文命张鲁追杀冯仲宣到京城，张鲁送上王继文密信向明珠求助。明珠命顺天府尹搜索全城，麻勒吉暗禀索额图，顺天府捕头抓住冯仲宣，想要杀人灭口，麻勒吉的手下冲出来救了冯仲宣。账册落入索额图手中，索额图把账册交给康熙。康熙任命陈廷敬为钦差，去云南查王继文案。

采薇对宸英送来的小玩意爱不释手，丫鬟趁机劝她忘记容若，珍惜宸英的一片深情，可采薇根本做不到。容若抑郁成疾一病不起，明夫人心急如焚，明珠知道容若是用伤害自己方式和他赌气，容若拼劲全力苦苦恳求明珠，如果来日陈廷敬遭遇危难，恳请明珠放陈廷敬一条生路，明珠勉强答应。

孟义号召官兵为马守备报仇，先杀谷发再杀王继文。王继文拼命催促陈廷敬尽快结案，还提议对冯仲宣严刑拷打，逼他尽快招供，陈廷敬找出各种理由推脱，王继文也只好作罢。王继文接到报告，孟义带忠武营官兵来找他算账，要为马守备报仇，王继文下令全力抵抗，双方展开激战，孟义他们撞开巡抚衙门的大门，陈廷敬急忙站出来安抚，可王继文却下令对孟义他们格杀勿论，现场顿时乱做一团。

康熙派人把陈廷敬的官服送回陈府，王瑶卿急火攻心，当场晕厥，采薇和宸英苦苦规劝她，可都无济于事，宸英决定立刻赶往山西向陈壮履报告。宸英日夜兼程来到山西，向陈廷敬之子陈壮履报告了陈廷敬的死讯，陈壮履悲痛交加，他不敢相信这是真的，得知父亲的遗体还没有找到，陈壮履更加痛心疾首，忘机后悔没有早点劝陈廷敬辞官回家，陈壮履决定即刻和宸英回京，忘机想亲赴云南寻找陈廷敬的遗骸。

无念突然将陈廷敬赶出了静慈庵，陈廷敬猜出无念有危险，逼他离开是为了救他，立刻让官兵去救无念。陈廷敬再次领兵搜查银库，王继文挟持郭秀，斥责陈廷敬没有证据乱抓人。无念带着娟娘走了出来，原来娟娘没有死，这一切只是陈廷敬和无念的计谋。

陈廷敬带伤觐见康熙，再提辞官一事。康熙欲与陈廷敬重续君臣情谊，没有允准。明珠利用无念写义绝书状告王继文，借机在朝堂中树立早与王继文势不两立的态度以求脱身。徐乾学故意在康熙面前透露了群臣给明珠起的外号“明相国”，引起康熙的警觉，但当面并没有深究。

陈廷敬阻止康熙征税，献计以漕粮代工赈，康熙趁机将陈廷敬调任为工部尚书。黄河再次决堤，钦天监算出了天灾的结论，康熙令户部加紧调拨银子往高邮赈灾。

陈廷敬向康熙推荐崔维雅以及他的治河方略，遭到文武百官群起而攻之，康熙对崔维雅恨之入骨，更不会采纳他的治河方略。陈忘机去酒馆小酌，赵柳堂正好也在这里喝酒，他被陈忘机的仙风道骨深深吸引，就主动过来敬酒，询问得知他就是陈廷敬的大哥陈忘机。

陈忘机仔细翻阅了历年来的晴雨录，严松龄吓得六神无主，陈忘机发现严松龄提交的高邮水患资料造假，康熙气得大发雷霆，立刻派郭秀去抓严松龄，严松龄知道事情败露，他吓得魂不附体，当场吓得惊惧而亡。

弗伦和蔡毓秀一唱一和劝说靳辅，可靳辅却提议先调查工部，陈廷敬却觉得应该从水患查起，两个人争执不下。弗伦苦苦恳求靳辅，他才答应明天就督促开工筑堤。弗伦亲自设宴请靳辅，可他借口要去查看工程进度，就提前离开了。

崔维雅当庭反水，不但矢口否认对陈天一提过建议，还口口声声坚持选址没有问题，诬陷陈天一是挟私报复，诬告上官，陈天一气得咬牙切齿，仰天大笑出门去。靳辅诬陷陈天一欺师灭祖，要治他的罪，陈廷敬顿时明白崔维雅和他们几个人同流合污。

汤福慧回到陈府，告诉陈廷敬自己握有明珠的罪证，陈廷敬却要求她蛰伏。心裕将汤福慧的事告诉索额图，索额图意识到汤福慧必然握有明珠的把柄。郭秀通过调查，发现黄思敬是被人收买，为了儿子黄岭的前途才做的伪证。

靳辅交代自己挖新运河、高邮筑重堤都是听从明珠的安排，但明珠、弗伦等把一切罪责都推到了靳辅的头上。靳辅被判流放，弗伦被贬为佐领，明珠轻松脱身。为保汤福慧，陈壮履求得心裕的帮助，设计汤福慧跳崖假死，让明珠以为汤福慧已死。陈廷敬五十大寿，康熙御旨赐陈廷敬一座府邸贺寿，明珠对陈廷敬更加忌惮。

自弗伦贬黜以来，左都御史之职一直空缺，康熙征求文武百官的意见，陈廷敬推荐郭秀，明珠当场提出异议，借口郭秀太过耿直，难担此大任，康熙决定提拔徐乾学为左都御史，这正中明珠的下怀。

采薇拿出休书交给赵铁，想回京城和父母团聚，可他做不了主，只好派人把郭秀请来，郭秀决定先把采薇接到客栈，然后再派人送她回京。

康熙派人把索额图叫进宫，让他说明对张汧一案的看法，索额图觉得祖泽深背后有人撑腰，才敢诬陷张汧和陈廷敬，康熙派索额图暗中查一下明珠和祖泽深之间的阴谋。

康熙下令将陈廷敬和郭秀罢官回家，陈廷敬之子陈壮履请求辞官回乡侍奉父亲，康熙驳回了陈壮履的辞官请求。张夫人病逝于狱中，陈廷敬带其他家眷离京回山西。采薇因心里恨陈廷敬，选择陪张家人一起流放宁古塔。采薇半路生产，陈忘机及时带侍卫赶至，救了采薇母子一命，经过陈忘机的解释，采薇终于明白自己错怪了父亲，张汧也悔恨不已。见陈廷敬被扳倒，明珠重新翻起张汧案中徐乾学借机对付他的旧账，故意在康熙面前盛赞《古诗四帖》。

陈壮履为了帮父亲翻案，私自前往湖北调查，康熙生气陈壮履不思君恩，将他罢官回家。陈壮履将自己在湖北查到的线索告诉陈廷敬，陈廷敬立刻意识到这或许是揭开真相的一个机会。远在江苏的徐乾学奉旨编完了《资治通鉴后编》，康熙龙颜大悦，徐乾学终于得到了奉召入京的机会。徐乾学借机将自己两年来在地方官场的所见所闻禀告康熙，直言官位已经被明相国卖完。康熙闻言震怒，决定南巡。

明珠决定找机会杀死陈廷敬一家，命莫尔根去山西。王知县命令士兵们团团包围了陈家大院，以“剿匪”为名强攻陈家大院，陈老夫人为儿子挡刀。康熙听到消息，令心裕赶去山西保护陈廷敬。陈老夫人下葬后，王知县要带走陈廷敬和陈壮履，百姓自发围成墙将他们护在中间。心裕终于赶到，命令陈廷敬准备接驾，场面瞬间逆转。

明珠猜出康熙去了山西，命人去找莫尔根。陈廷敬找到了明珠的幕僚赵柳堂，劝他投靠自己当污点证人，并给了他一个锦囊，说关键时刻或许可以保他一命。明珠在酒中下毒欲毒死赵柳堂，被赵柳堂看出来，二人翻脸。

陶老板想起来赵柳堂是来找他代卖《古诗四帖》的人，现在证据确凿，只等康熙回京。很快，康熙南巡归来，文武百官一起到乾清宫外等候，康熙借口身体疲惫，把他们打发走。索额图向康熙汇报，明珠派人到索府暗杀证人赵柳堂，因此也就失去了指证明珠的证据。

贵妃身体不舒服，康熙亲自照顾她，还给她喂汤喂药。明珠送来奏折弹劾陈廷敬父子，康熙赌气罢朝，要为贵妃祈福。索额图和心裕都知道康熙是不想被明珠挟持，才故意罢朝。眼看三天时间过去了，明珠继续上奏折向康熙施压，还派人找陈廷敬麻烦。

大朝会，明珠突然自陈罪名，痛数自己十大罪状，并且指认在场全部朝臣皆为自己党羽。陈廷敬知道自己中了明珠的计，康熙也只好忍怒安抚明珠。明珠让党羽到乾清宫喊冤，逼康熙低头，在乾清宫外闹成一团，康熙命陈廷敬尽快调查明珠的罪证，平息朝堂之乱。陈廷敬提审蔡亦荣，蔡亦荣交待了和明珠、余国柱、科尔坤的关系，透露自己给了科尔坤五万两银子买官，科尔坤才介绍了明珠给他。

明珠被囚禁在武英殿，由索额图亲自看守。余国柱和科尔坤等党羽商量在适当的时候抛弃明珠。陈廷敬找上余国柱等人，抓走科尔坤，告诉其他人明珠进了宫，由康熙亲自审问，如果他认罪众人则都能脱罪，如果明珠安然出宫，而余国柱等人就必须下大狱。六个时辰后，明珠出宫，却已是一介布衣。陈廷敬将余国柱等人捉拿下狱，康熙任命陈廷敬为文渊阁大学士，陈廷敬终于入阁为相。

康熙二十三年，大清王朝在康熙的铁腕统治下，出现了盛世景象，可是首辅索额图和中堂明珠明争暗斗，朝堂之上暗流涌动，有一场惊天风暴正在悄悄酝酿。江宁遭遇大灾，康熙命令监察御史郭秀前去赈灾，不料却被索额图派人砍伤，他跳江才侥幸逃生，随行官员达都奏报朝廷，谎报郭秀染上瘟疫而死。